Yang menemukan bahan peledak itu adalah penjaga keamanan gereja bernama Anton, 36 sekitar pukul 03.00 Wita. "Saat itu saya mendengar seperti ada suara. Begitu menyorot dengan senter, saya lihat ada orang, dan saya perkirakan ada dua orang, tapi yang terlihat cuma satu orang," kata Anton
Promosi 12 Pemain BRI Liga 1 Perkuat Timnas Indonesia di Kualifikasi Piala Dunia
Setelah itu, Anton keluar dari gereja dan memeriksa situasi. Dia menemukan barang mencurigakan berupa dua unit aki kering, kotak dibungkus warna kuning, dan rangkaian kabel. Benda mencurigakan tersebut diletakkan enam meter dari lingkungan gereja tepatnya di Kalimantan International Christian School (KICS).
"Benda tersebut tersambung dengan kabel sepanjang enam meter, selanjutnya kabel tersebut disambungkan ke setop kontak listrik yang berada di KICS tersebut oleh orang tak dikenal tersebut," kata Anton.
Anton langsung menghubungi polisi dan mencabut aliran listrik tersebut. Tim Gegana Brimob Polda Kaltim langsung bertindak. "Barang yang ditemukan itu sementara sifatnya seperti bahan peledak dengan rangkaian elektronik dan bisa indikasi menimbulkan ledakan," kata Wakil Kepala Satuan (Wadansat) Brimob Polda Kaltim, AKBP Desman Tarigan.
Tim Gegana melakukan sterilisasi lingkungan Gereja. Ibadah pun ditunda untuk keamanan umat. "Masih perlu disterilkan dulu di sekitar gereja dan ibadah untuk sementara ditunda beberapa jam agar umat dapat tenang dalam menjalankan ibadah selanjutnya," kata Desman.
Pendeta Samuel Watimena yang bertugas di Gereja Injili Nusantara Jemaat Kasih Balikpapan mengatakan ibadah seharusnya dimulai pukul 09.30 Wita. "Kami terpaksa menunda ibadah yang juga bertepatan dengan ibadah Paskah padahal jemaat yang datang sudah banyak sekitar 30 orang," kata Samuel.
Berdasarkan pantauan wartawan, jemaat juga membawa anak-anak untuk mengikuti ibadah Paskah. Di dalam gereja terlihat telur-telur untuk dihias. Ibadah Paskah akhirnya dimulai pukul 11.30 Wita. Gereja Injili Nusantara Jemaat Kasih Balikpapan terdiri atas tiga bangunan yakni gereja, sekolah musik untuk anak-anak, dan TK. Kompleks gereja itu berbatasan langsung dengan hutan.